香港作為一個國際商業中心，吸引了眾多投資者前往。在跨境投資過程中，有不少持有內地公司股份的香港投資者面臨一些法律問題和程序。本文將從法務、稅收等多個方面探討香港持有內地公司股份的辦理流程。

一、法律法規方面
1. 需要注意內地和香港公司法律的差異。內地公司受《公司法》等法規約束，而香港公司受《公司條例》等法律管轄。
2. 在持有內地公司股份時，香港投資者應確保合法性，可以請律師或專業機構進行法律咨詢，以防風險。

二、股權變更程序
1. 香港持有內地公司股份需按內地相關規定進行股權轉讓登記。具體操作需遵循內地的公司股權轉讓規定，包括簽署轉讓協議、公證等程序。
2. 同時，香港相關機構可能也需要對股權變更進行備案或注冊，以確保跨境投資合規。

三、稅務申報
1. 香港持有內地公司股份可能牽涉到不同稅收政策和稅率。香港投資者需根據內地和香港的稅法規定，合理安排資產配置，避免雙重征稅。
2. 報稅時需如實申報相關收入，遵守相關稅法規定，可咨詢專業稅務師協助處理。

四、審計報告
1. 香港持有內地公司股份可能需要提交審計報告。香港投資者應委托會計師事務所對持有的內地公司股份進行審計，確保財務數據真實準確。
2. 審計報告需符合國際和內地相關審計準則，報備審計機構，以便香港和內地相關部門查驗。

五、知識產權保護
1. 在持有內地公司股份時，需要重視知識產權保護。香港投資者可以在內地公司登記商標、專利等知識產權，維護自身權益。
2. 任何有關知識產權轉移、共享等事宜，需要經過法律程序和公證認證，確保合法性和保護性。

在辦理香港持有內地公司股份的過程中，香港投資者需要充分了解內地和香港相關法律法規，積極配合各項手續和程序，確保投資合規合法。同時，建議與專業律師、會計師等專業人士合作，共同應對跨境投資中遇到的挑戰，確保投資順利進行。