在中國，香港協會是一種非盈利性組織，通常由在香港和中國之間有業務往來或利益聯系的人士組建。香港協會的成立旨在促進兩地之間的經濟、文化、教育等領域的交流合作，為會員提供信息和資源共享的平臺。然而，作為一個與特別行政區相關的組織，香港協會在國內的合法運行存在一些特殊的要求和程序。

注冊登記

首先，香港協會在國內需按照相關法律規定進行注冊登記。根據《中華人民共和國社團法》和其他相關法律法規，需要向縣級以上民政部門遞交申請材料，完成審批程序后才能取得合法登記。在注冊時需要提交包括組織章程、理事名單、活動規劃等文件，確保組織的合法性和透明度。

稅務認定

香港協會作為一個非盈利性組織，通常可以享受稅收優惠政策，但需要在國內進行相關稅務認定。根據《中華人民共和國非營利組織登記管理條例》，香港協會需向稅務部門遞交相關申請文件，根據組織性質和活動情況確定稅務待遇，并履行相關稅收義務。

合規經營

在國內運行的香港協會需要遵守中國的法律法規，包括但不限于《社團法》、《涉外非政府組織管理法》等相關規定。香港協會在開展活動時，應遵循誠實守信、合法合規的原則，不得從事危害國家安全、社會穩定的活動，同時需定期向相關管理部門報告活動情況，接受監督檢查。

信息披露

作為一個開展境內活動的香港協會，應當保持透明度，及時向會員、社會公眾披露組織運作情況、財務狀況等信息。建立健全的信息披露制度，確保會員權益和社會信任度。

風險防范

在國內運營的香港協會要提前設想和應對各種風險，包括但不限于政策變化、法律風險、財務風險等。建立風險管理機制，加強對外部環境變化的監測和應對能力，保障組織的可持續發展。

綜上所述，要使香港協會在國內合法運行，關鍵在于依法注冊、合規經營、信息披露和風險防范。只有遵守當地法律法規，積極開展合作交流，才能為香港協會的國內發展奠定更加穩固的基礎。